یکی از بحثهای مطرح در فقه سیاسی واکاوی فقهی حکم تخطی قوا از فرامین رهبری است به این بیان که در نظام مبتنی بر ولایت فقیه چنانچه قوای کشور به سه قوه قضاییه، مقننه و مجریه تقسیم شوند آیا آنان میتوانند از فرامین رهبری سر باز زنند یا خیر؟ و اگر از فرامین رهبری سر باز زدند آیا مشروعیت سیاسی آنان سلب میگردد یا خیر؟ در نوشتار حاضر با استفاده از روش تحلیلی و توصیفی به این نتیجه رسیدیم که بنابر هر یک از نظریهی انتخاب و انتصاب چنانچه قوای موجود در کشور بخواهد از فرامین رهبری سر باز زند مشروعیت سیاسی خود را از دست میدهند؛ زیرا بنابر نظریهی انتصاب ولی منصوب از سوی امامان معصوم(ع) مجتهد جامع شرایط است که ادارهی کشور به او واگذار شده است و در آیات و روایات مشروعیتی برای قوای دیگر قائل نشده است بنابر نظریهی انتخاب نیز در هر یک از سیستم تمرکز حاکمیت و یا تفکیک قوا انتخاب و رأی مردم موجب آن میگردد که پس از رأی دادن نتوانیم از دستورات شخص منتخب سرپیچی کنیم.